fbpx

Kako deluje PCR?

Odkar je Covid-19 spremenil naša življenja, je širša javnost spoznala različne vrste testov. Med njimi sta najbolj znana hitri antigenski testi in PCR testi, ki ju izvajamo tudi pri nas.  Kljub dejstvu, da PCR testi veljajo za bolj zanesljive, pa se je v slabih dveh letih pojavilo nekaj bolj ali manj upravičenih dvomov o njihovi zanesljivosti.

Kako PCR sploh deluje?
Testiranje se začne z odvzemom nosnega brisa, v katerem se, v kolikor je virus prisoten, nahaja virusna DNK. Vzorce se shrani v primerni raztopini (pufru), nato pa so odpeljani na obdelavo. Najprej je potrebno posamezni delček DNK virusa izolirati – ločiti od naših celic in naše DNK. Ko imamo v epruveti delček virusne DNK, ki jo bomo analizirali, se prične analiza s PCR.

PCR v angleščino prevedemo kot ˝polymerase chain reaction˝ oziroma verižna reakcija s polimerazo. Prvi pojem, ki ga moramo razumeti, je polimeraza. Polimeraza je encim (pospeševalec reakcij v našem telesu), ki uravnava sintezo DNK med njeno podvojitvijo, ki je nujna za naš obstanek. Bistvo PCR-ja je, da izbran odsek virusne DNK verižno pomnožujemo, kar nam omogoča polimeraza. Izbran odsek najdejo kratka nukleotidna zaporedja, tako imenovani primerji, ki zagotavljajo, da se resnično podvoji zgolj virusna DNK.  

Izbran del DNK bo bomo s pomočjo temperature od 92 do 95 stopinj celzija naprej denaturirali – to pomeni, da bomo dvojno vijačnico DNK virusa razprli. Sledila bo verižna reakcija – nekje 40 ciklov  (točno številko določi proizvajalec PCR testa) segrevanja in ohlajanja DNK, s katerim bomo število odsekov DNK eksponentno pomnožili.

Pozitiven PCR test ovrednotimo z vrednostjo Ct, ki je zaporedna številka cikla, pri katerem signal vzorca doseže prag, ki je potreben za pozitiven rezultat. Če je Ct nizek, je bilo v vzorcu veliko virusnih genov. Če je Ct visok, je bilo v vzorcu malo virusnih genov.

MIT 1: Kary Mullis, izumitelj PCR testa, je trdil, da PCR ni primeren za diagnostiko.
Izumitelj PCR-ja je res trdil, da ta ni primeren za diagnostiko, vendar pa moramo trditev vrednotiti na podlagi dejstva, da je bil PCR izumljen leta 1985. Pred petintridesetimi leti bi bila ta izjava še kako pravilna, saj so bile razmere v laboratorijih takrat drugačne: delo je bilo manj natančno, manj avtomatizirano, na razpolago so imeli manj natančen laboratorijski pribor. Petintrideset let kasneje je to ena najpomembnejših in najnatančnejših metod v biokemiji, saj je delo skorajda popolnoma avtomatizirano, naprave so izjemno natančne, omogočena je obdelava več vzorcev hkrati, postopki so izpopolnjeni.

MIT 2: PCR test bo poškodoval vašo DNK
Mit nikakor ne drži. PCR bo zaradi kratkih zaporedij DNK, imenovanih primerji, podvojeval zgolj virusno DNK. Specifični primer se bo prilegal samo genomu preiskovanega virusa in nobenemu drugemu genomu na svetu.

MIT 3: Pozitiven PCR je lahko znak več prehladnih obolenj, ne zgolj Covida-19
Mit nikakor ne drži, saj z metodo PCR dobro ločimo viruse med sabo. Na primer pri diagnostiki gripe lahko s pomočjo PCR določimo celo tip gripe- A ali B.  Ključno je, da med PCR pomnožujemo zgolj tiste gene, ki jih ima samo preiskovani virus. Pri Covid-19  dokazujemo dva do štiri gene. »Lovke« v PCR testu, ki iščejo koronavirusne označevalce, se ne ujemajo z geni drugih virusov in napačen rezultat je skrajno malo verjeten.

MIT 4: Metoda PCR nikakor ni natančna
PCR naj bi bil, glede na raziskave (vir), natančen v 97,2 odstotkih primerih, zagotovo pa natančno prikaže zgolj prisotnost Covida-19.

PCR testiranje izvajamo tudi pri nas. Naročite se tukaj.

VIRI

1. World Health Organization (WHO). Episode #14 – COVID-19 – Tests (WHO).[citirano  30. 10. 2021]. Dostopno na: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/media-resources/science-in-5/episode-14—covid-19—tests?gclid=Cj0KCQjw–GFBhDeARIsACH_kdb29wtRNXTjz2fZ2x5pF9SFSHz2-CPpIeuk4hKC9cCODN7EFGwrIQQaAvMQEALw_wcB

2. Covid-19 sledilnik. PCR testu si zanesljivi.[citirano: 29. 10. 2021] . Dostopno na: .https://medium.com/sledilnik/pcr-testi-so-zanesljivi-9354a92c9c18

3. Wiki FKKT UL. Verižna reakcija s polimerazo. [citirano: 29. 10. 2021]. Dostopno na:  http://wiki.fkkt.uni-lsi/index.php/Veri%C5%BEna_reakcija_s_polimerazo_%28PCR%29

4. PubMed. Comparison of Commercially Available and Laboratory-Developed Assays for In Vitro Detection of SARS-CoV-2 in Clinical Laboratories. [citirano: 1. 11. 2021]. Dostopno na: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7350782/

5. Healthline. Are rapid Covid-19 tests reliable? [citirano: 1. 11. 2021]. Dostopno na: https://www.healthline.com/health/how-accurate-are-rapid-covid-tests#other-types-of-tests


Povezani članki

Naroci se